Store Flinterup, eller Flinterupgård, som gården tidligere hed, er et forholdsvist nyt gods, der blev oprettet i 1790 af Oberst Holstein. Han købte fire bøndergårde fra stamhuset Lerchenborg, som blev slået sammen til dette nye gods, hvortil også hørte 21 huse.

Fra 1900 til 1918 ejedes gården af hofjægermester, greve Ulrich Bernstorff-Mylius til Kattrup.

Store Flinterup har gennem tiden dannet ramme for både klassisk og forskelligartet landbrug.

1952 begyndte ejer af Store Flinterup Knud Rasmusen, som var gartneruddannet i samarbejde med sine sønner, der begge var landmænd, i samarbejde med Hjortsø Planteskole at dyrke kirsebær.

Produktion af kirsebær tog fart med årshøst på 100-150 ton bær, som blev plukket af 70-80 personer. Senere, da fabrikken Carmen i Kalundborg tiltrak de kvinder, som var plukkere, kom plukkemaskiner.

Fra 1996 begrænsede en ny EU-regel brug af sprøjtemidler, især svampemiddel, hvilket blev forsøgt afhjulpet med at få bærrene hurtigt på køl for at undgå mugne bær. Forretningen var imidlertid ikke længere rentabel, så i 1998 blev plantagen ryddet, og Store Flinterup blev solgt og var ikke længere på familien Rasmusens hænder.

Store Flinterup ejes siden 2021 af Merete Juhl – her afbilledet med sin mand Hadi foran hovedindgangen til Store Flinterup.